燃料电池汽车以燃料电池系统作为主动力源，同时使用蓄电池组作为辅助动力源。燃料电池可以只满足持续功率需求，借助辅助动力源提供加速、爬坡等所需的峰值功率，在制动时可以将回馈的能量存储在辅助动力源中。其功能包括高压上下电，扭矩管理，能量管理，热管理，再生制动，驾驶模式选择，燃料电池启停控制，故障诊断等功能。